La santé de l'intestin, l'état des défenses gastro-intestinales et surtout le contenu et la composition du microbiome luminal sont susceptibles d’avoir une influence significative sur les athlètes. Ces paramètres peuvent réduire les blessures chroniques tout en améliorant les performances. L’organe microbien de l’intestin régule la santé de l’hôte en influençant plus de 65% du tissu immunitaire du corps compris dans le tractus gastro-intestinal. La plupart des composants et médiateurs du système immunitaire sont contrôlés directement ou indirectement par le microbiote (Bischoff 2011). Les microbes vivant dans l'intestin influencent le métabolisme, l'absorption des nutriments, l'homéostasie et la fonction immunitaire de l'hôte. Ceci peut se refléter dans les réponses métaboliques d'un individu, le développement et la santé des organes y compris le cerveau, les os, le cœur et les poumons.
